Двигатель представляет собой четырехтактный, четырехцилиндровый рядный двигатель внутреннего сгорания жидкостного охлаждения с воспламенением от сжатия и непосредственным впрыском топлива в камеру сгорания, расположенную в поршне. Двигатель состоит из:
- блока цилиндров,
- головки блока цилиндров;
- кривошипно-шатунного механизма;
- механизма газораспределения;
- узлов и агрегатов система питания;
- смазочной;
- механизма охлаждения;
- пускового механизма.
На дизеле установлены насосы гидросистемы и гидроусилителя рулевого управления, генератор, пневмокомпрессор, счетчик моточасов работы, а также предусмотрены места для присоединения предпускового подогревателя и отопителя кабины трактора.
Двигатель Д65Н1 отличается от дизеля Д65М1 системой пуска. Дизель Д65Н1 имеет систему пуска от карбюраторного пускового двигателя, пускаемого электрическим стартером, а дизель Д65М1 пускается непосредственно электрическим стартером. На дизеле Д65Н н Д65М пневмокомпрессор не устанавливается.